buenas,

puede haber problemas si importo un formulario de un proyecto planificado y estructurado en gtk
siendo mi proyecto qt?

Define "problemas". Hay cosas que te pueden cambiar de tamaño, hay controles que se comportan de forma distinta etc. Si tu aplicación está bien hecha no debes tener muchos problemas.

Desorganización seguro que causa.  

Supongo que si usas contenedores, (debe ser la organización que comenta Shordi) no deberías tener problemas.
La mayoría hace tiempo que no usamos gtk, mayormente por problemas. Por ejemplo en su día con DrawingArea.
Y seguro que más.

Saludos