Ostras, pues no me fijé que el post fuera antiguo. Como lo vi sin leer.
Lo de usar el directorio .config lo veo algo más limpio que usar la raiz de la home, que van apareciendo tropecientos archivos de configuración.
De todas formas las aplicaciones de gambas suelen tener su .conf en .config/gambas
Pero eso es tan solo el archivo .conf, no el lugar donde se ubican sus archivos.
Y a todo esto, ¿ se ponen de acuerdo los desarrolladores de Linux en donde se deberían guardar los archivos de la aplicación ?.
Creo que haría falta un manual "de los buenos modales" para estas cosas.
Saludos