buenas

pues eso, cuando creamos nuestros paquetes de distribución esta el paquete que tiene el código fuente pero también
hay la posibilidad de crear un paquete llamado 'AutoTools' que en apariencia es igual al paquete que contiene el código fuente.

si usamos la lógica todo indica que debería ser diferente pues no tiene sentido hacer dos paquetes fuentes con diferentes nombres  

son lo mismo?

son diferentes y de ser así cual o cuales son las diferencias?

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Software libre, programación libre, vida libre es la Public function Libertad()as Invendible
Proyectos: VisorRV1960,Taller2015,Tanteador
https://sourceforge.net/u/v3ctor-full/profile/
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Citar:

... pero también
hay la posibilidad de crear un paquete llamado 'AutoTools' que en apariencia es igual al paquete que contiene el código fuente.

    ¿Dónde está eso?

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No podemos regresar

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Buscando Autotools en la wikipedia, leo que es una utilidad para construir software desde el fuente (más o menos), por tanto un paquete para autotools es un paquete con el código fuente y listo.

No he comprobado si es exactamente igual al generado con "Crear Archivo Fuente", pero si lo es, tiene sentido.

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No podemos regresar

Alguna vez había visto que por algún tipo de problema con el paquete binario de una aplicación que no recuerdo ahora.
Había que bajar la fuente y volver a crear el paquete de instalación.

Puede que fuese una modificación del código fuente por algún tipo de bug,  bajando otro archivo
que de alguna forma complementaba la fuente original.

Saludos

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Gambas Básico
"No es un bug, es una característica no documentada"