Aquí tenéis un generador de copias de seguridad para MySQL. Posiblemente haya reinventado la rueda, pero siempre he tenido dificultades a la hora de restaurar (dependencias y demás).
Por eso poco a poco fuí generándome una serie de rutinas que al final han acabado siendo este programita. Tiene sus limitaciones, por lo que aconsejo primero leer el LEEME que adunta.
Tiene dos modos de ejecución, interactivo, que es el necesario para restaurar, y en modo script, en el que podéis invocarlo desde un terminal con el parámetro -s (silencioso) y/o -l (de log), para poder incluírlo en un cron y hacer copias automáticas.
Lo podéis descargar de aquí: http://www.desconcertado.es/archivos/copiaBases.tar.gz
Espero que os sirva de algo.
Suerte
Edito: Para añadir que es necesario tener instalado el programa pax (que creo que existe en todas las distribuciones), como yo utilizo ubuntu, el programa tiene una pequeña función que intenta ver si pax está instalado. Si no lo está emite un aviso. Es fácil de desactivar para cualquier otra distribución.
Lo que hace este programa es sustituir el path original que se archivó en el tar.gz por el nuevo path donde esté almacenado el fichero de copia.
He corregido, también, un puñado de pequeños pero incómodos bugs a la hora de manejar los ficheros y carpetas (es lo que tiene eso de utilizar siempre los mismos paths y nombres de bases de datos).