Hola!.
¿ No os ha ocurrido que no siempre lo hace ?. Si cambias una variable por ejemplo.
En determinados momentos suele preguntar. La aplicación guarda pero resulta brusco,
sobre todo si le das a cerrar con el icono de la "x".
¿ Esa opción no venia antes en preferencias ?.
Aunque resulte pesado, es bueno ver la ventana de pregunta que hace al guardar antes de cerrar.
Quizás puede que lo pregunte cuando aun no has ejecutado y si has escrito código.
Saludos