Ya encontré la solución.
Almacenar en una cookie de por ejemplo un año los mensajes nuevos que dejas cuando te vas.
Entonces en ese caso al loguearte además de lo anterior, lo que tengas en esa cookie se marca como nuevo.
Esa cookie se crea cuando expira la sesión y debe estar vigente cuando te loguees de nuevo. De esa forma al comparar fechas ya obtienes los nuevos. Luego miras esa cookie y marcas como nuevo lo que allí esté. La cookie la destruyes. Ahora si que tienes todlos los nuevos correctos. Cuando te vayas volverás a crear una cookie a un año con los nuevos que dejas sin leer.