Se puede cambiar la ruta por defecto de la clase Settings, pero te obligará a crear una ruta estándar, es decir, que sea común para cualquier máquina.
miVariableSettings = NEW Settings(User.Home &/ ".config/tu_ruta/fichero.conf", "Titulo del fichero settings")
Para usarlo:
miVariableSettings["Posicion/X"] = 55 'para asignar
FMain.X = miVariableSettings["Posicion/X", 0] 'para leer (donde 0 es un valor por defecto en caso de no existir en el fichero)
A menos que tengas alguna razón para usar este método, es suficiente usarlo de manera estática, como indica shordi. No tendrás problemas.